Сесар (или Цезарь) Навас пополнил состав «Рубина» зимой 2009 года. На тот момент в послужном списке игрока значились вторая команда мадридского «Реала», в академии которого он оттачивал футбольное мастерство, а также испанские клубы «Малага», «Химнастик» из Таррагоны и «Расинг» из Сантандера.

29-летний испанец быстро и легко наладил взаимодействие с партнерами по защитной линии и забетонировал оборону команды. В составе «Рубина» Сесар Навас стал обладателем золотых (2009) и бронзовых медалей чемпионата России (2010), Кубка России (2011/12) и Суперкубка России (2010, 2012). Дважды испанский защитник «Рубина» был включен в число 33-х лучших футболистов чемпионата России (2009, 2010).

Сесар Навас является одним из рекордсменов клуба по количеству матчей в премьер-лиге (198), больше только у Сергея Рыжикова (281) и Гёкдениза Карадениза (226). На счету Сесара Наваса 44 матча в составе «Рубина» в европейских кубковых турнирах. Испанский защитник сыграл важную роль во многих важных матчах Лиги чемпионов и Лиги Европы, где в сезоне-2012/13 дошел вместе с «Рубином» до стадии четвертьфинала.

Свой заключительный матч в составе «Рубина» Сесар Навас провел 9 декабря 2018 года в Санкт-Петербурге против «Зенита» (2:1) в возрасте 38 лет и 298 дней, став самым возрастным игроком команды в премьер-лиге. Долгие годы Сесар Навас был лидером «Рубина» на поле и в раздевалке, выводил команду с капитанской повязкой, служил примером профессионализма для партнеров, всегда был любимцем болельщиков.